Sequenziamento Nanopore e decorso tumorale
Il sequenziamento di terza generazione rappresenta un metodo innovativo per il monitoraggio dei pazienti oncologici e l’analisi del genoma tumorale.
Lo studio messo a punto da ricercatori dell’Istituto di fisiologia clinica del Consiglio nazionale delle ricerche (Cnr-Ifc), dell’Istituto per lo studio, la prevenzione e la rete oncologica (Ispro), dell’Università di Pisa (Unipi), dell’Università di Firenze (Unifi) e dell’Azienda ospedaliero universitaria pisana (Aoup) vuole dimostrare come poche gocce di sangue siano sufficienti per monitorare il decorso della malattia.
Quindi con un semplice prelievo ematico è possibile monitorare le alterazioni del Dna nei pazienti oncologici e, addirittura, predire l’evoluzione che avrà il tumore in una persona piuttosto che in un’altra.
I risultati della ricerca sono stati pubblicati sulla rivista Molecular Cancer.
Metodologie a confronto
La nuova metodologia, basata sul sequenziamento di terza generazione, si inserisce nel filone della biopsia liquida, ovvero la predizione del decorso della malattia attraverso i biomarcatori presenti nel sangue.
Le analisi basate sul sequenziamento del Dna cell-free, eseguite con sequenziatori di seconda generazione, sono estremamente efficaci, ma non sempre accessibili anche a causa dei costi di strumentazione.
Le piattaforme di sequenziamento di terza generazione, come i sequenziatori Nanopore, sono più economiche.
La tecnologia Nanopore applicata alla ricerca contro il cancro
Nella ricerca si parte dal prelievo di sangue per individuare il DNA danneggiato, caratterizzato da frammenti piccoli, derivati dalla morte delle cellule sane e, nei pazienti oncologici, dalla morte di quelle tumorali.
La frazione varia a seconda dello stato del tumore: è limitata nei primari e dopo la terapia e aumenta nei tumori metastatici.
Il DNA purificato dal plasma dei pazienti è sequenziato attraverso tecnologia Nanopore.
Nel sequenziamento Nanopore i frammenti di DNA sono spinti mediante nono-pori su una membrana: il passaggio delle basi che compongono il DNA (Adenina, Citosina, Guanina, Timina) attraverso il poro induce un’alterazione del segnale elettrico che viene poi decodificato per ottenere la sequenza dei diversi frammenti. La sequenza dei frammenti permette di localizzarli sul genoma, l’insieme di tutta l’informazione genetica, e contarne il numero in ogni singolo punto.
La profilazione del tumore, in un’ottica di medicina personalizzata, permette di adottare la strategia terapeutica più adatta.
Il progetto è quello di applicare questa tecnologia di ricerca anche nei centri più piccoli a livello clinico.